※第7話「タタリ騒動の元凶」
時間は第2話冒頭に遡り、有馬たくやは前回の物語では経験しなかった別の事件を主に体験することになる。そして背後で起きている事件の全貌を多角的に知ることとなる。
これは分岐型のビジュアルノベルでは極普通のシステムであるが、それを物語の一部にしてしまい、プレイヤーのみならず主人公自身が別のルートの記憶を保持していて自覚的に他のルートに挑んでいくというのは、実に斬新であると感じた。
多くの人がこの作品を褒める理由がよくわかった。
今回は前回軽視されていたヒロイン島津澪・一条美月との絡みが中心になりそうであった。
また有馬広大の元盟友の龍蔵寺幸三が、単に広大の研究成果を奪いたいだけの小者なんかではなく、何らかの超能力らしきものまで持っている強大な敵であることも判明した。
※第8話「燕雀いずくんぞ」
島津澪は三角山の遺跡の秘密にほぼ独力でたどり着くも、父の汚職のせいで調査にタイムリミットができてしまい、焦っているようであった。
謎多き転校生の波多乃神奈は、非常に殺風景な部屋に住んでおり、どことなく綾波レイのイメージが投影されているようであった。しかし謎のオッサンに秘密を握られていて、抵抗できないようである。
※第9話「彼と彼女の距離」
市長の汚職を暴くビラが学校に貼られる。その中には島津澪が有馬たくやにしか話さなかった情報も含まれていて、たくやは犯人であると疑われる。
この犯人は終盤で、ずっとたくやに絶対忠誠を誓っていたかに見えた結城正勝であると判明する。これまた自分には超展開であった。原作をやっている人には当然の展開なのかもしれないが、自分は予備知識がないのでこうして新鮮な体験ばかりできる。
※第10話「重なる想い」
有馬やくやと結城正勝は、島津澪が入っていったと思われる三角山の遺跡の中に入っていくが、そこで有馬広大の盟友の一人であった今川の遺体を発見する。
その手記によれば、この遺跡は全世界の文明の謎を解き明かせるものであり、また並行世界についても証明できるものだったようである。
その後、遺跡のトラップのせいで結城は死んでしまい、やむなくたくやは時間を巻き戻し、結城を見張り役にして代わりに一条美月をパートナーに選ぶ。
しかし一条は一条で、龍蔵寺幸三にかけられていた暗示が途中で発動し、たくやのチートアイテム「リフレクターデバイス」（やっと私はこの名前を覚えた）を奪おうとする人格になってしまう。
たくやは逃亡の末に島津澪と再会する。
※第11話「もう一度あのキスを」
遺跡の地下で、たくやはリフレクターデバイスに嵌め込める宝玉を一個拾う。
その後、一条美月を救えなかったものの島津澪を救って遺跡から脱出する。
ここでまた時間を物語冒頭に巻き戻される。
